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El patrón de flujo es la forma en que fluyen las aguas de un ecosistema acuático. Este patrón variará según el ecosistema del que estemos hablando. Por ejemplo, en aguas tranquilas, como en un lago, el viento mueve la superficie del agua y esto provoca la generación de torbellinos que se transmiten hacia capas inferiores. La profundidad que alcanza el movimiento del agua (los torbellinos) depende de la densidad de la misma y por tanto, de su temperatura. En el caso de los ecosistemas marinos se pueden nombrar tres principales tipos de movimiento: el generado por las olas, que es un movimiento ondulatorio, el generado por las corrientes, que es un movimiento continuo de avance,  y el generado por las variaciones de nivel, que es el que producen las mareas.

Los torbellinos generados por el patrón de flujo transmiten movimiento hacia capas más profundas de agua, pero también calor. Se produce un gradiente de temperatura. Las capas de agua a las que llegue la transmisión de movimiento y calor mantendrán una temperatura más o menos uniforme, pero en las zonas más profundas habrá un descenso pronunciado de la temperatura y por tanto, un aumento de la densidad del agua. La zona en la que cesa la transmisión se denomina termoclima.

Los ecosistemas acuáticos tienen la capacidad de contrarrestar pequeñas variaciones del pH. Esta propiedad se conoce como efecto tampón y es de esencial importancia, ya que los seres vivos no suelen soportar grandes variaciones en los valores de pH. Algunos organismos, como las bacterias anaerobias, excretan ácidos en el proceso de fermentación de materia orgánica, lo que produciría la acidificación de las aguas si el ecosistema acuático no estuviera bien tamponado.